Idioma: Español
Fecha: Subida: 2021-07-16T00:00:00+02:00
Duración: 23m 50s
Lugar: Curso
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Prof. Francisco Díez Fuertes

SARS-CoV-2 Virological aspects including variants.

Descripción

Cell Therapy 2021 Summer Course

Transcripción (generada automáticamente)

Buenas tardes, mi nombre es Francisco Díez fuertes y trabajó en el Centro Nacional de Microbiología del Instituto de Salud Carlos tercero y en primer lugar me gustaría agradecer a los organizadores del curso habernos invitado a hablar sobre las principales variantes que han dominado la epidemia de sars CoV dos en España. En primer lugar, me gustaría escribir un poco la historia de cómo, cómo se consiguió el primer genoma completo del nuevo virus. Esta historia comenzó el 20 de diciembre de 2019 en nombre de 41 años. Un trabajador de mercado de marisco de la ciudad, dibujante, que comenzó a sentir síntomas y a los seis días fue ingresado en el Hospital Central de veintiseis de diciembre de 2019, tan solo 10 días después, los investigadores consiguieron obtener el genoma completo de este nuevo virus y enviarlo para su publicación el cinco de enero de 2020 como es nuestro aquí abajo. El primer primer caso, datado hasta la fecha de infección por sars CoV, dos data del uno de diciembre de 2019. En la mayoría de los casos están relacionados con el mercado de mariscos que comentábamos antes. Este genoma está compuesto por unos 30.000 nucleótidos, que contiene dos tercios de su genoma -codifican, para dos grandes que, a su vez, codifican para las proteínas que se acaban convirtiendo en hasta 16 proteínas estructurales, incluyendo la polimerasa, dependiente de rne también codifica cuatro proteínas estructurales la montura la membrana, así como varias proteínas accesorios aquí abajo como un esquema de lo que sería él las del virus. Las diferentes partes que componen esta urbe rf prohibiéndole segundo, con el dominio de un receptor receptor humano hace 2. El dominio a esa edad. Si el dominio. El nuevo coronavirus es el séptimo coronavirus con capacidad de infectar a humanos y se ha clasificado dentro del género coronavirus y del género. Cominos. La nomenclatura de las diferentes claros del sars CoV dos ha sido complicada desde el inicio porque han aparecido diferentes sistemas de nomenclatura aquí pongo algunos de ellos. Actualmente se utilizan sobre todo este sistema; el sistema, que se conoce como tango clasificadas las diferentes grupos de variantes en función de las letras, las letras A, y b serían las secuencias más ancestrales y las más modernas en estos éstos van surgiendo sus claras, que van definiendo las diferentes variantes que se van describiendo. Sin embargo, hay otro sistema de clasificación como el que utilizan en el año, en el que se descubrieron cada uno de estos claros, que están las 2019, los claros, que fueron apareciendo en 2020; hay un tercer sistema, el sistema del mi6, que clasifica a los clavos en función de mutaciones concretas a lo largo del genoma del virus y mucho más recientemente. La Organización Mundial de la Salud ha publicado un nuevo sistema para nombrarlas, las diferentes variantes que van surgiendo utilizando letras del alfabeto griego. Este modo ha descrito hasta cuatro variantes de preocupación, alfabeto celta y creo que son 7, siete variantes de interés, que son. La diferencia principal entre los claros descritas en 2019 en el 2020 es esta mutación, una mutación de 614. Estaría por ahí lo que lo que hace es provocar un cambio estructural que provoca una apertura de la proteína hace más favorable la, el reconocimiento y la fusión receptor humano. Bueno, me gustaría hablar sobre las principales variantes que han dominado la epidemia en España, en tres grandes fases, el inicio de la epidemia. Nosotros podemos publicar un trabajo sobre este asunto y más recientemente, una segunda fase en el verano de 2020. Para acabar con las famosas variantes que se están expandiendo por todo el mundo para estudiar cómo llegó al coronavirus a España, lo primero que hicimos fue identificarlos; los primeros países de Europa en los que los que se detectaron casos de sars CoV 2, que son las que muestra aquí en su publicación. Es lo que hicimos nosotros, simplemente fue recogen todas las genomas secuenciado hasta la fecha todos estos países, junto con las secuencias de China, para inferir la la probabilidad de que estas variantes surgieran o o se importaban directamente desde Buján o preferentemente, entre los diferentes países europeos. Lo que pudimos concluir en este estudio es que el inicio de la pandemia será en torno al 24 de noviembre de 2019 en origen en la ciudad china de Bojan. Y qué es lo más probable es que se produjeran introducciones en todos estos países europeos directamente desde esta ciudad. En este sentido cabe destacar que por aquella época había todos estos vuelos semanales entre la ciudad y las principales capitales europeas. Como muestra, como muestra aquí. A continuación nos planteamos estudiar los todos los genomas completos enjuiciados hasta el momento, que eran unos 12.500 genomas, incluyendo un total de 219 secuenciado en España, y 61 de ellos secuencias en el Instituto de Salud Carlos tercero en la unidad de virus respiratorios, del Centro Nacional de Microbiología, con la ayuda de las unidades de Genómica e Informática de Instituto. Nos planteamos eso, estudiar el inicio de la epidemia en España recogiendo muestras de diferentes hospitales de toda España. Una vez secuenciado se realizó el análisis filogenético y aquí os nos como pudimos detectar representantes de todos los clavos descritos hasta ese momento en España, identificando hasta 62 importaciones diferentes. Describimos cuatro pequeños castas, que son las que aparecen en Rosa. 19 se esperaba, así vente a ese plan luego hablaremos un poco sobre ellos. Aquellos muestran la izquierda una evolución de las formas genéticas en España, viendo cómo el inicio, las nuevas, las variantes de las claras 19, parecían dominar la epidemia, pero fueron paulatinamente sustituidas por los lados. Agradezco las primeras positivas. La diferencia entre estos claros, los 20 es principalmente, la mutación de 614. Como decía, describen los cuatro grandes claros 19 se p1, que adaptamos su origen en España en torno al 21 de enero de 2020, a ese p1, cuyo origen también se dato en torno al 29 de enero. En España, el 19 de tiene su origen el seis de febrero del 2020. También en España, en ese período en torno al 17 de febrero de 2020, también en nuestro país, porque es importante recordar, es la cronología de cómo se sucedieron la epidemia en España. El primer caso declarado hasta ese momento era del 31 de enero de 2020; un caso en La. El segundo caso declarado fue el nueve de febrero del 2020, un caso en Palma de Mallorca y hasta el 28 de febrero, pues ya se detectaron casos positivos, y esto fue un aumento exponencial, cinco de marzo, 251 casos, y el día que comenzó el confinamiento, pues ya había, por lo menos más de 4.000 casos positivos en España. Lo que aportamos nosotros con este estudio es decir, que probablemente ya había transmisión comunitaria de 2, dos de estas variantes antes del primer caso declarado en España y otros dos a mediados de febrero de 2020. También pudimos describir cómo se produjo este inicio de la mínima en España, que estuvo. Marcado principalmente por múltiples introducciones, como veíamos antes. Un efecto fundador, donde las variantes que llegaban eran las que se establecían en ese momento y a un período de coexistencia de las variantes de 614 las 614, que son las que acabaron dominando la epidemia. En España. Este estudio tuvo bastante repercusión porque eso suponía. Habíamos detectado, podíamos inferir transmisión comunitaria en España antes de las primeras casas declarados. Basta hasta ese momento. También pudimos realizar un ensayo in vitro, en el que construimos unas Bodas de sangre inocente, y la intimidad, que expresaba la proteína de la películas del virus en superficie, generando las variantes la variante ancestral de 614, 614, demostrando mayor efectividad en el caso de la segunda votación, 614 en diferentes líneas celulares. Aquí os pongo un poco la evolución de esta mutación en España desde el inicio de la pandemia hasta la actualidad como las formas g 614 han desplazado completamente a las 614. Además, esto coincide con trabajos ya publicados, donde asocian esta mutación, pues a una mayor efectividad si una mayor replicación en el tracto respiratorio superior en ensayos in vivo. En una segunda etapa, durante el verano de 2020, lo que vemos, lo que ocurrió es la muestra en esta área positiva. Esto es lo que hemos visto hasta ahora, pues mi inicio marcado por las formas, 19 a 19 en Europa y su institución paulatina, las formas frente, pero ya a inicios del verano de 2020 comenzaron a aparecer nuevos nuevas variantes. Una de ellas es ésta que se denomina 20 a 1. Aquí se sospecha que se originó en España y se exportó al resto de Europa un trabajo reciente publicado en 2021. No ha podido asociar esta variante a ninguna ventaja patogenicidad inicial, sino que atribuye el éxito de la expansión de esta variante. Primera, una alta incidencia de la variante en España. Ha iniciado el inicio del verano. Prudentes a una reapertura del turismo, haya un rastreo ineficaz. Lo que hizo fue que se expandiera por toda Europa a medida que se iban abriendo fronteras entre las diferentes países europeos. Y más recientemente, lo que ocurrirá si la aparición en escena de estas valientes las variantes que ocupantes de interés actualmente la oms ha descrito cuatro variantes preocupantes, alfabeto gama alta inicialmente descritas en Reino Unido en Sudáfrica, Brasil y en la India. Estas variantes se denominan preocupantes porque han demostrado que tienen ciertas ventajas ideológicas, como las que tomaban aquí abajo; aumento en su visibilidad, incrementan la virulencia o descenso de la efectividad de las medidas de salud pública y sociales frente a ellas, pero también han descrito otras siete ocupantes, sino eta, eta Capa y Landa, que tienen mutaciones concretas, que podrían tener implicaciones fenotípica y que ahora mismo son variantes de interés. Hay una regla que va positiva; no son preocupantes, son variantes de interés; más preocupantes son las cuatro anteriores pero que están bajo bajo vigilancia y que podrían en cualquier momento pasará a convertirse en variantes preocupantes es lo que tienen especial estas motas. Estas variantes son diferentes; mutaciones principalmente importante son las que se encuentran en las colas y más concretamente en esta zona, en el dominio del receptor, hace dos como veis, todas ellas tienen mutaciones en esta región y diferentes versiones de mutaciones sin embargo parece que los mecanismos que ha encontrado el virus para, para buscar estas ventajas biológicas son limitados ya que como podéis ver aquí hay varias mutaciones que comparten varias entre las diferentes variantes, pero en primer lugar vamos clave; 614; está presente en todas ellas a votación. En las votaciones, en la posición 4, 8, cuatro también parecen encontrarse en varias; de ellas; otro otra vía que ha encontrado la posición 452 o la 501 con 681; por ejemplo. Muestro finalmente como según datos de las bases de datos, las diferentes variantes que se han ido a secuenciar en nuestro país. En España, valientes, preocupantes y valientes de interés vemos aquí en verde como la variante que se originó en el verano del 2020, la b1 177. Pasó de dominar la epidemia durante el verano de 2020 finales del 2020 ser completamente sustituida esta variante azul. Esta variante azules, la variante alfa, inicialmente descrita en Reino Unido, que igualmente llegó a dominar la epidemia en España durante los primeros meses del 2021. Pero vemos cómo está comenzando a decaer y principalmente parece que está siendo sustituida por otra variante. La variante delta, que actualmente supone el 40 con siete por 100 de los genomas esenciales en España. Y el resto de variantes, aunque hay representantes de prácticamente todas ellas, no parece que esté aumentando su incidencia en España, por lo menos en cuanto a genoma secuenciado. Una característica importante para los sistemas de vigilancia de estas variantes es la capacidad de secuenciación en diferentes países. Actualmente España se sitúa en el puesto 12 mundial con 25.962 genomas secuenciado hasta el 30 de junio de este año. Esta, por detrás de países como Estados Unidos, secuencia de cuantos han secuenciado 440.000 genomas o Reino Unido que ha secuenciado 320.000 genomas durante el año, en el caso de Reino Unido estos genomas suponen en torno al 15 por 100 de todos los casos diagnosticados en ese país y lo que es más importante es que son capaces de dar esta información en tan solo 12 días. El retraso es mínimo. Entre entre el momento en el que se coge una muestra y se publican los datos, en España estamos una orden de magnitud. Por debajo de este este nivel se secuencia el uno con cuatro por 100 de los casos diagnosticados. La una de las pegas es que quizás hay un mayor retraso en la publicación de los datos, que va hasta los 28 días en lo que va de año 2021. Esto hace que nos fijemos principalmente en los datos que publica el Reino Unido sobre vigilancia epidemiológica, así como efectividad de las vacunas, y en este gráfico podremos ver cómo la variante la variante inicialmente detectada en Reino Unido está siendo completamente sustituida a medida que pasan las semanas por la variante del inicialmente detectada en la India. Como también unos datos publicados recientemente por el Gobierno británico, hablan sobre la efectividad real de las vacunas en su población, que está principalmente vacunada con y con la técnica, y veremos cómo la efectividad de una dosis, ya sea de hasta escénica o de fallecer, es baja, ya era baja con la variante Alfa -pero es incluso más baja. Ahora mismo, con la variante lo mismo ocurre con las dos dosis. Parece ser que la eficacia para prevenir la infección de dos vacunas dos dosis de la vacuna de fallecer, tiene una efectiva mayor que las dos dosis conseguidas con la vacunación de génica, a continuación expongo mismo gráfico hablando sobre la efectividad en el desarrollo de síntomas y una vez infectado. Vemos como en este caso una pauta completa frente a la variante alfa, era del 92 por 100 en caso de fallecer 81 por 100 en el caso de la Zenica y bajar relativamente con la nueva variante, la variante al 83 por 100 para las dosis de falsedad al 61 por 100 dosis de cínica. Sin embargo, es importante recordar que también en este mismo informe Reino Unido, al Gobierno británico habla de la efectividad de estas vacunas a la hora de evitar la hospitalización de personas infectadas, y en este caso vemos cómo la efectividad de las sobredosis, ya sea en estos países, la efectividad combinada de ambas vacunas alcanzó el 93 por 100. En el caso de la variante alfa y del 96 por 100 en el caso de la venta. Finalmente, aquí os pongo una comparación de cómo se han ido produciendo las diferentes oleadas de infecciones tanto en Reino Unido como en España. Vemos que es una gráfica muy similar. En el caso del Reino Unido están viendo ahora mismo una repunte de casos probablemente atribuido a la variante delta, y en España la pregunta de si sí o a medida que estaba bien te vaya sustituyendo al resto de variantes va a producir también un incremento del número de casos. Previsiones tienen, pues, en base a estos resultados que hemos ido mostrando que esta variante del Tau se pueda ir asociada a una mayor visibilidad e incluso a un descenso en la eficacia de las vacunas, incluso se ha podido asociar también a a una mayor probabilidad de hospitalización. En aquellas que se han infectado con la variante. Todo esto hace que se haya publicado un informe con previsiones para el mes de agosto en el que habla de que en la primera semana de agosto probablemente el 70 por 100 de todas las nuevas infecciones en territorio europeo se deban a esta variante, a la variante de eta y que probablemente alcance el 90 por 100 a finales de mes, y finalmente habla de las consecuencias que podría tener una relajación de medidas no farmacéuticas durante este mes de junio. Son no son otras que un poco. Lo que hemos descrito ya es el aumento de la incidencia en todos los grupos de edad que lleva asociado un incremento de las hospitalizaciones y muertes y se alcancen niveles similares a los observados en otoño. Y nada más. Me gustaría agradecer a mi principalmente a a los pacientes que han participado en los estudios que hemos mostrado en todos estos hospitales y a mis compañeros del Centro Nacional de Microbiología, y especialmente a los del laboratorio de la Unidad de Patología del trabajo. Muchas gracias y ánimo.

Propietarios

Ana Gimenez Cayuela

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